2026年13号企业合并（分立）所得税征管新规的14点看法综述

　　(1)13号公告是优化，不是新增一项特殊性税务处理操作

　　《国家税务总局关于企业重组业务所得税处理有关征管问题的公告》(国家税务总局公告2026年第13号)明确“现对企业重组业务所得税处理有关征管问题公告如下”，类似“有关征管问题公告如下”的规定均不是新增项目，而是对既有政策如何征管进行明确。

　　13号公告开篇明确根据《财政部 国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》(财税〔2014〕109号)等文件规定对企业重组业务所得税处理有关征管问题进行约定，但109号规定的是股权(资产)收购、划转，与合并分立重组没有关系，但实际依据109号的意义在于，“明确自2026年1月1日起，将达成特殊性税务处理一致性意见的居民企业股东持股比例由100%放宽至50%”，是一致税务处理要求从100%“优化到了”50%，如同股权(资产)收购比例由75%调整到50%，并非是在59号通知规定的合并(分立)特殊性税务处理之外新增了一项满足50%条件要求即可以特殊性税务处理的操作。

　　自2026年起，企业合并的特殊性税务处理(股权支付)执行13号的要求，不再执行59号规定的要求，“同一控制下且不需要支付对价的企业合并”仍可以执行59号规定。

　　案例，居民企业股东持股40%，自然人股东持股60%，在原先的理解和规定中，认为只要满足股权支付比例85%等条件要求，合并(分立)是可以适用特殊性税务处理的。2026年第13号公告明确，自2026年1月1日起，合并(分立)必须满足居民企业股东必须持股50%以上，且必须一致选择特殊性税务处理。案例将无法适用13号新规下的特殊性税务处理，59号规定的条件已经被13号公告规定替代优化，因此案例也不可以适用59号规定的特殊性税务处理。

　　在这样的前提下，“合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业”规定实际上已经没有意义。

　　(2)一致税务处理原则

　　《国家税务总局关于发布〈企业重组业务企业所得税管理办法〉的公告》(2010年第4号)明确，同一重组业务的当事各方应采取一致税务处理原则，即统一按一般性或特殊性税务处理。实际上结合13号文件和官方解读，显然过去对“一致税务处理原则”在理解上重视程度不够。

　　基于“一致税务处理原则(统一按一般性或特殊性税务处理)”，股权收购、合并(分立)中，股权转让方、被合并(分立)企业股东，应统一按特殊性税务处理，不应出现部份股东按一般性税务处理，部份股东按特殊性税务处理的情况，正是基于此要求，以及59号规定“企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%”，每个企业股东获得股权支付比例均不应低于85%，否则，股权支付比例不足85%的企业股东将不可以适用特殊性税务处理。

　　(3)居民企业股东之外的股东

　　国家税务总局公告2015年第48号明确“股权收购中转让方、合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人。当事各方中的自然人应按个人所得税的相关规定进行税务处理。本公告适用于2015年度及以后年度企业所得税汇算清缴。”

　　2026年第13号公告明确“合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业。上述股东应按现行规定进行所得税处理。本公告适用于重组日在2026年1月1日以后的企业重组业务”。

　　2015年之前，包括自然人股东的重组，无法适用特殊性税务处理，2026年之前，包括自然人和居民企业之外的股东的重组，无法适用特殊性税务处理。

　　(4)居民企业之外的股东不适用特殊性税务处理

　　国家税务总局公告2026年第13号明确“其余股东持有的股权以及股权对应的被合并(被分立)企业转让的资产和负债、合并(分立)企业取得的资产和负债均应适用一般性税务处理”，这一规定直接打破了两个幻想。

　　1、居民企业之外的包括自然人在内的股东，明确不可以适用特殊性税务处理不确认所得的税务处理，即一致选择特殊性税务处理的居民企业股东对应的股权比例适用特殊性税务处理，未一致选择特殊性税务处理的居民企业股东对应的股权比例适用一般性税务处理，其他自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业股东股东，除合并分立中个人股东不属于转让限售股、资管产品层面作为不征税收入等特殊规定之外，应按现行所得税规定进行所得税处理。

　　2、一般性税务处理的股权比例对应的被合并(分立)的资产和负债需要确认所得，合并(分立)企业据此调整取得被合并(分立)的资产和负债的计税基础，也可以选择一般性税务处理的简易计算办法，“选择按该资产和负债的原计税基础确认计税基础，并将对应的公允价值和原计税基础之间的差额，单独作为一项资产，自重组日所属年度起分10年均匀在税前摊销扣除。此方法一经选择，不得改变”。具体查看官方解读的案例2。

　　2000年119号规定合并税务处理，只需要股东就非股权支付确认所得，而被合并企业资产和负债是不需要根据非股权支付确认所得的。

　　59号规定则存在被合并资产和负债是否需要按非股权支付(以及自然人股东股权比例部分)确认所得的疑问。

　　根据59号的行文，通常认为“2.被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。3.可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额”是不需要根据59号第六条第六项“(六)重组交易各方......，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础”的规定对非股权支付(以及自然人股东股权比例部分)的比例进行分割的。

　　但同时又认为“1.合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。4.被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定”需要根据59号第六条第六项非股权支付(以及自然人股东股权比例部分)的比例调整确认所得。

　　而这一点在2026年13号则规定的非常明确(2026年开始执行)，合并特殊性税务处理的当事各方(合并企业、被合并企业(被合并资产和负债)、被合并企业的居民企业股东)均需要根据一般性税务处理股权比例确认所得。

　　不管59号当初规定的本意到底是偏向2000年的意思，还是2026年的意思，对以前的重组事项，基本上会按26年13号规定去要求根据非股权支付以及一般性税务处理股权比例确认所得。

　　根据13号公告的规定，本文认为，无论取得的被合并(分立)的资产和负债如何或何时处置，单独确认的差额资产均按10年摊销扣除，不调整回原资产。相信企业所得税汇算申报表需要据此规定修订。

　　(5)13号规定更适用于上市公司或大型企业

　　国家税务总局公告2026年第13号“持有被合并(被分立)企业股权比例不低于5%的居民企业股东、前十大居民企业股东”均应一致选择适用特殊性税务处理，以及12个月内不得转让股权的规定，实际更适用于上市公司或者大型企业等股东分散的情况，一般性的非上市公司基本上全部或者大多数的居民企业股东均需一致选择才可以适用特殊性税务处理，满足一致税务处理的50%股权比例条件以及5%、前十大要求，实际上选择不多。

　　(6)合并(分立)持股比例超50%的特殊性税务处理，应获得100%股权支付

　　国家税务总局公告2015年第48号明确，合并中当事各方，指合并企业、被合并企业及被合并企业股东(可以是自然人)。

　　合并中特殊性税务处理的当事各方，指合并企业、被合并企业及被合并企业的企业股东，不包括自然人。

　　59号和13号规定一样，企业合并分为“特殊性税务处理的合并重组事项”，以及“一般性税务处理的合并重组事项”。

　　(1)“特殊性税务处理的合并重组事项”，对符合条件的股权支付部分(59号)、达成一致的居民企业股权部分(13号)适用特殊性税务处理，其他部分适用一般性税务处理。

　　(59号)对于被合并企业的企业股东，获得股权支付部分不确认所得，适用特殊性税务处理，获得的非股权支付部分需要确认所得，适用一般性税务处理。

　　(59号)对于被合并企业的自然人股东，不存在适用特殊性税务处理(不属于特殊性税务处理当事方)，获得股权支付部分以及非股权支付部分均按个人所得税的相关规定进行税务处理，也就是一般性税务处理的确认所得处理。

　　(13号)特殊性税务处理的合并重组事项包括一致达成特殊性税务处理的股权比例部分(仅指股权支付，居民企业股东)，以及未达成一致而适用一般性税务处理的股权比例部分(包括股权支付、非股权支付，包括居民企业股东和居民企业之外的股东)。

　　整个合并重组事项，属于适用59号第五条、第六条规定的“特殊性税务处理的合并重组事项”。

　　(2)“一般性税务处理的合并重组事项”，全部适用一般性税务处理。

　　(59号)无论是非股权支付部分，还是股权支付部分，以及自然人股东，全部都需要确认所得，适用一般性税务处理。

　　(13号)一般性税务处理合并重组事项指的是整个合并重组事项全部适用一般性税务处理(全部股权比例，包括股权支付、非股权支付，全部股东)。

　　整个合并重组事项，属于适用59号第四条规定的“一般性税务处理的合并重组事项”。

　　13号公告明确的合并(分立)居民企业股东合计持股比例超过50%，并达成一致特殊性税务处理，“达成一致的股东持有的股权以及股权对应的被合并(被分立)企业转让的资产和负债、合并(分立)企业取得的资产和负债可以适用特殊性税务处理，其余股东持有的股权以及股权对应的被合并(被分立)企业转让的资产和负债、合并(分立)企业取得的资产和负债均应适用一般性税务处理”。

　　不应将13号规定的“达成一致的股东持有的股权以及股权对应的被合并(被分立)企业转让的资产和负债、合并(分立)企业取得的资产和负债可以适用特殊性税务处理”理解为各方达成一致对合并重组事项按特殊性税务处理并对股权支付部分适用特殊性税务处理。

　　13号达成一致的股权比例和股权对应资产和负债适用特殊性税务处理规定与59号“交易各方对其交易中的股权支付部分，可以按以下规定进行特殊性税务处理”一样，指的是达成一致特殊性税务处理的股权应获得100%股权支付。不存在达成一致特殊性税务处理的持有股权比例还需要按非股权支付比例确认所得。

　　持股比例不低于5%以及前十大的居民企业股东，应就持有的全部股权达成一致适用特殊性税务处理，并获得100%股权支付。

　　其他低于5%的居民企业股东应可以就持有的部分股权达成一致适用特殊性税务处理并获得100%股权支付，同时就持有的剩余股权适用一般性税务处理(获得非股权支付或股权支付)。

　　(7)13号公告明确资管产品不属于企业所得税纳税主体(居民企业)

　　13号公告是合并(分立)特殊性税务处理的规定，但其中明确了契约型资管产品不属于企业所得税规定中的纳税主体“居民企业”。

　　契约型资管产品与合伙企业一样，本身不属于企业所得税纳税主体，也不属于个人所得税纳税主体。

　　契约型资管产品实际上与合伙企业一样，适用的都是“先分后税”模式，包括所得分配模式和收入分配模式。

　　(8)13号公告明确被合并(分立)负债不构成非股权支付

　　合并(分立)中，以被合并(分立)资产减负债(净资产)确定交易总额和股权支付比例。

　　13号公告明确被合并(分立)负债不构成非股权支付。

　　13号公告案例2，甲企业吸收合并乙企业，100%股权支付，乙企业资产和负债的计税基础为1000万元，公允价值1800万元。居民企业股东合计持股比例为60%，乙企业转让资产和负债的60%部分适用特殊性税务处理，在当期暂不确认所得，其余40%应在当期确认转让所得320万元〔(1800-1000)×40%〕。

　　(9)未弥补亏损

　　13号公告适用于重组日在2026年1月1日以后的企业重组业务，明确其他征管问题按照2010年第4号、2015年第48号)等规定执行。

　　因此，“2.被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。3.可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额”仍然不需要对非股权支付(以及一般性税务处理股权比例部分)的比例进行分割的，被合并企业亏损可以100%按限额规定由合并企业弥补，不受一致达成特殊性税务处理的股权比例部分，以及未达成一致而适用一般性税务处理的股权比例部分的影响。

　　(10)清算

　　根据国家税务总局公告2026年第13号规定的合计持股比例超过50%就适用特殊性税务处理达成一致情形，仍属于2009年59号规定的符合特殊性税务处理的合并，无需清算，也无需分割成适用特殊性税务处理股权比例部分不清算处理以及适用一般性税务处理股权比例部分需要清算处理。

　　只有不符合合并特殊性税务处理条件导致的整个合并事项(全部股权)全部适用一般性税务处理，才需要适用59号规定的第四条第四项的清算税务处理。

　　一般性税务处理的股权比例部分应与59号规定非股权支付确认所得一样，确认为资产转让所得或损失，而不是清算损益。

　　(11)重组后12个月内转让取得的股权

　　持股比例不低于5%和前十大的居民企业股东，重组后12个月内，1股都不能转让取得的股权，否则特殊性税务处理当事各方全部调整为一般性税务处理。

　　除前述股东外，达成一致的其他股东在重组后12个月内转让全部或部分股权，导致达成一致的合计持股比例不再超过50%的，特殊性税务处理当事各方全部调整为一般性税务处理;转让全部或部分股权后，达成一致的合计持股比例仍然超过50%的，特殊性税务处理当事各方无需调整为一般性税务处理。其他股东所转让的全部或部分股权按原计税基础确定的计税基础来确认转让所得，未转让的部分股权仍保持原计税基础确定的计税基础，不进行一般性税务处理调整。查看13号公告解读案例6。

　　(12)其余股东免税、不征仍需要一般性税务处理

　　合计持股比例超过50%并达成一致的股权可以适用特殊性税务处理，其余股东持有的股权均应适用一般性税务处理。其余股东包括自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业，按现行规定进行所得税处理。

　　即使其余股东(自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业)可以对合并取得股权适用免征或不征、或分期递延等个人所得税或企业所得税政策(如自然人的限售股、股票等)，其余股东持有的股权对应的被合并(被分立)企业转让的资产和负债、合并(分立)企业取得的资产和负债仍然需要确认所得适用一般性税务处理。

　　(13)100%自然人股东，合并是否可以适用特殊性税务处理?

　　实务中不乏100%自然人股东合并适用特殊性税务处理(股权支付)案例，结合13号规定回看59、4、48规定，显然对一致特殊性税务处理有过于宽松的适用，并非政策原文的本意。

　　所说的100%自然人股东的合并特殊性税务处理，是：

　　(1)合并企业、被合并企业、自然人股东均适用特殊性税务处理(不确认所得);

　　(2)自然人股东确认所得，但合并企业、被合并企业适用特殊性税务处理。

　　结合13号可以看出：

　　1、适用特殊性税务处理的只能是居民企业股东，其他自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业股东(其余股东)不可以适用特殊性税务处理。

　　合并中当事各方，指合并企业、被合并企业及被合并企业股东(可以是自然人等其余股东)。

　　合并中特殊性税务处理当事各方，只能是合并企业、被合并企业及被合并企业的居民企业股东(不包括自然人等其余股东)。

　　2、其余股东需要确认所得，其余股东股权比例对应的被合并企业资产和负债也需要确认所得，合并企业取得的被合并资产和负债按调整后的计税基础确认。

　　100%自然人股东的合并，没有一致特殊性税务处理的当事居民企业股东方，整个合并重组事项不可以适用特殊性税务处理。

　　13号规定则明确一致特殊性税务处理处理需要超过50%的居民企业股东股权。被合并企业股东可以是自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业的规定其实已经没有意义。

　　这并非是13号(2026年)开始才这样处理，而是从59号(2009年)就是这样的政策意思，不需要去判断重组日是2026年之前还是之后。“同一控制下且不需要支付对价的企业合并”中，“同一方或相同的多方最终控制”可以是自然人，此类特殊性税务处理适用59号规定处理，不受13号公告影响。

　　(14)59号通知当事各方“企业”指的是居民企业

　　13号公告实际明确了，59号通知中的“企业”应按“居民企业”来理解。

　　4号公告明确企业重组当事各方为“企业”，虽然48号明确企业重组的当事各方取消了“企业”的限定，但实际上仅是明确了股权收购中转让方、合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人，13号公告明确可以是自然人、合伙企业、契约型资管产品、非居民企业，除此之外，重组特殊性税务处理的当事各方仍应限定于“企业”也就是“居民企业”。

　　比如，债务重组特殊性税务处理中的债权人、债务人均应为“居民企业”，债权人为自然人等其余股东的，债务重组事宜不适用特殊性税务处理。