超过认证期限的增值税专用发票可否申请开具红字发票？

我公司为一家私营企业，2006 年12月20日我单位向江苏宝应县某单位开具了两份增值税专用发票。由于对方工作人员的疏忽，直到今年5 月份才发现专用发票尚未入账，现在对方单位要求退回发票，并让我公司重新开具专用发票，现在对方税务机关不同意出具红字增值税专用发票通知单，原因是增值税专用发票已经超过了认证期限（自专用发票开具之日起90日内），并且购买方尚未入账、抵扣。请问我公司能否向购货方所在的主管税务机关申请红字通知单？超过认证期限的专用发票可否申请开具红字发票？

根据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156 号）第十四条的规定，一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》，《申请单》所对应的蓝字专用发票需经税务机关认证。主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，才能出具《开具红字增值税专用发票通知单》。

　　根据这一规定，你公司作为销货方，不能向购货方所在地主管税务机关申请出具《申请单》；购货方在取得你单位开具的专用发票后，未在专用发票开具之日起90 日内向主管税务机关进行认证，所以，购货方也不能向其主管税务机关申请开具红字发票。

　　但有一种情形除外，即《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发[2007]18号）第一条第二款规定，“购买方所购货物不属于增值税扣税项目范围，取得的专用发票未经认证的，由购买方填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，主管税务机关审核后出具通知单。购买方不作进项税额转出处理。”如果你公司向江苏宝应县某单位所售货物不在增值税扣税范围之内，那么购买方可凭未经认证的专用发票向主管税务机关申请开具红字通知单。